1966年6月，黃岡地委"文化革命工作組"進(jìn)駐黃岡中學(xué)，成立"文化革命委員會(huì)"，接管學(xué)校一切工作，原黨政組織癱瘓，學(xué)校停課。工作組、校文革根據(jù)全國(guó)形勢(shì)領(lǐng)導(dǎo)學(xué)校運(yùn)動(dòng)，組織"紅衛(wèi)兵"，選派代表赴京參加毛主席接見(jiàn)等等。不久，工作團(tuán)執(zhí)行"資產(chǎn)階級(jí)反動(dòng)路線(xiàn)"撤出學(xué)校，"文革"被稱(chēng)為"偽文革"，校內(nèi)成立了幾十個(gè)群眾組織，如教職工的"韶山兵團(tuán)""東風(fēng)兵團(tuán)""古田兵團(tuán)"等等，學(xué)生中則有"揚(yáng)子江風(fēng)暴兵團(tuán)"、"提著腦袋干革命戰(zhàn)斗隊(duì)"等等。學(xué)生紛紛外出大串連。"一月風(fēng)暴"后，一派組織搶公章"奪權(quán)"，但并不能統(tǒng)轄所有群眾組織，學(xué)校處于無(wú)政府狀態(tài)。各派各行其是，互相攻擊，但攻擊矛頭相同的一點(diǎn)就是整"黨內(nèi)走資本主義道路的當(dāng)權(quán)派"，因此，支部書(shū)記首當(dāng)其沖。有專(zhuān)長(zhǎng)的行政領(lǐng)導(dǎo)和教師就是"黑幫分子"、"反動(dòng)學(xué)術(shù)權(quán)威"、"牛鬼蛇神"，或揪斗游街，或打入牛棚，或下園種菜。"紅衛(wèi)兵"還借"破四舊"之風(fēng)，抄家劫舍，很多教師多年積累的圖書(shū)資料被當(dāng)成"毒草"燒毀、變賣(mài)、令人痛心疾首。他們還走向社會(huì)，搗毀古物，焚燒古籍，造成慘重?fù)p失。
1967年，"7?20"事件后，"百萬(wàn)雄師"一派無(wú)形解散，"造反派"控制學(xué)校。1967年10月，以造反派學(xué)生為主體的黃岡中學(xué)革命委員會(huì)成立。在革委會(huì)領(lǐng)導(dǎo)的斗批改中，采取過(guò)火斗爭(zhēng)，無(wú)情打擊，"武斗"成風(fēng)。學(xué)校原領(lǐng)導(dǎo)和教師不少人挨了打?；瘜W(xué)權(quán)威、享譽(yù)當(dāng)年的全省紅旗教師王驥同志，不堪忍受掛牌游街之凌辱，1968年5月24日被迫害致死。
到1968年，由于社會(huì)上的造反派分裂對(duì)立，黃州發(fā)生大規(guī)模武斗，每次都有本校學(xué)生參加。武斗逐步升級(jí)，由棍棒長(zhǎng)矛發(fā)展到真槍實(shí)彈。到8月份，幾個(gè)月中發(fā)生了近十次大型武斗，打死十多人，受傷者更多。死者多為工人、菜農(nóng)。造反派學(xué)生還在宿舍里設(shè)置刑堂，毒打?qū)α⑴傻?俘虜"，群眾稱(chēng)之為"白公館"。
武頭號(hào)給學(xué)校造成了很大的財(cái)產(chǎn)損失。一次武斗，保管室全部實(shí)物被洗劫一空；物理實(shí)驗(yàn)室的電器元件，幾乎被搶光；四萬(wàn)多冊(cè)圖書(shū)所剩無(wú)幾；門(mén)窗破碎，滿(mǎn)目瘡痍，校無(wú)寧日。
1968年10月，黃岡地區(qū)第一支"工人毛澤東思想宣傳隊(duì)"進(jìn)駐黃岡中學(xué)，收繳武器，解散武斗組織，制止武斗，并把各組織頭頭集中辦學(xué)習(xí)班，結(jié)束了武斗混亂局面，穩(wěn)定了當(dāng)時(shí)的局勢(shì)。
接著改組原來(lái)以學(xué)生為主體的"革委會(huì)"，成立新的三結(jié)合的革命委員會(huì)，工宣隊(duì)長(zhǎng)兼革委會(huì)主任，方道南、周維新、程展云等任副主任。接著復(fù)課鬧革命，主要是把流散在社會(huì)上的學(xué)生召回學(xué)校，作出適當(dāng)?shù)漠厴I(yè)安排。12月25日，歡送66、67、68三屆畢業(yè)生上山下鄉(xiāng)。
工宣隊(duì)對(duì)知識(shí)分子掃行極"左"政策，把領(lǐng)導(dǎo)和教師一批批下放到路口和農(nóng)場(chǎng)勞動(dòng)改造。清理階級(jí)隊(duì)伍時(shí)，捕風(fēng)捉影，無(wú)限上綱，形成一種高壓氣氛，致使原外語(yǔ)教研組長(zhǎng)李清教師于1970年3月被迫害致死，語(yǔ)文教師劉白燕被錯(cuò)捕判刑，粉碎四人幫后才得到平反昭雪。
1970年3月，方道南任革委會(huì)主任。
1971年6月，開(kāi)始整黨建黨。8月，方道南任黨支部書(shū)記。1972年，方道南調(diào)任地區(qū)教育局長(zhǎng)，1973年韓益增調(diào)任黨支部書(shū)記。
整黨建黨后，學(xué)校工作由黨支部主持，工宣隊(duì)退居次要地位。人數(shù)逐漸減少，直到粉碎四人幫后，1977年12月24日，才完全撤離學(xué)校。
1969年春，按就近入學(xué)的原則招收黃州鎮(zhèn)及附近農(nóng)村1966年以來(lái)的小學(xué)畢業(yè)生入學(xué)。編成三個(gè)年級(jí)，1970年再招一個(gè)年級(jí)，共四個(gè)年級(jí)。學(xué)制改成初中高中各兩年。
復(fù)課之初，教學(xué)以政治為中心，沒(méi)有教材，文科主要是讀報(bào)紙語(yǔ)錄。1970年始有省編試用教材。學(xué)校工作以"五?七指示"為綱。學(xué)工學(xué)農(nóng)的時(shí)間長(zhǎng)達(dá)三分之一。1971年學(xué)校工作要點(diǎn)提出要"堅(jiān)持以學(xué)為主的原則，保證上文化課的時(shí)間"，并未很好落實(shí)。
1972年，周總理提出批極"左"。教育戰(zhàn)線(xiàn)召開(kāi)了關(guān)于如何提高文化課教學(xué)質(zhì)量的會(huì)議。田忠杰同志帶人赴武漢參觀(guān)。回來(lái)介紹了兄弟學(xué)校抓教學(xué)的經(jīng)驗(yàn)。教師都很興奮，有的提出要狠抓"三基本"?？蓵r(shí)隔不久，"四人幫"誣蔑抓質(zhì)量是復(fù)辟回潮，大張撻伐。接著又是"白卷英雄"、"小學(xué)生日記"、"馬振扶事件"，教師們欲干不能，欲罷不忍，無(wú)可奈何。1975年，鄧小平同志提出要為革命學(xué)文化，黃岡中學(xué)又興旺過(guò)一陣，很快又被"反擊左傾翻案風(fēng)"摧殘了。
這時(shí)期教學(xué)工作中費(fèi)力最多的是開(kāi)門(mén)辦學(xué)活動(dòng)。整天考慮怎樣走出去，走到哪里去，至于有無(wú)必要，是不容考慮的。學(xué)生曾四次步行去賈廟，多次到江陵大隊(duì)、鄂城旭光公社等地開(kāi)門(mén)辦學(xué)。至于到附近工廠(chǎng)農(nóng)村勞動(dòng)更不計(jì)其數(shù)。以至有的社隊(duì)將學(xué)生當(dāng)勞力，一遇農(nóng)忙即向?qū)W校要人。因此，學(xué)校教學(xué)長(zhǎng)期陷入混亂狀態(tài)，貽誤了一代青年。
"文革"期間貫徹"五七指示"，學(xué)工學(xué)農(nóng)需要基地，客觀(guān)上推動(dòng)了學(xué)校工廠(chǎng)、農(nóng)場(chǎng)的建設(shè)。黃岡中學(xué)校辦工廠(chǎng)的發(fā)展走過(guò)曲折的道路。1961年硫酸廠(chǎng)下馬后，為配合教學(xué)，理化組還辦過(guò)小型"桌面工廠(chǎng)"，化學(xué)組還在"桌面工廠(chǎng)"生產(chǎn)過(guò)化肥。1971年為學(xué)工需要，先后辦過(guò)"920"廠(chǎng)、"化織廠(chǎng)"（俗稱(chēng)"獵毛拉絲廠(chǎng)"）、"電機(jī)修理廠(chǎng)"、"機(jī)械修理廠(chǎng)"等，都因技術(shù)、原料、貨源、效益種種問(wèn)題而停辦。1973年創(chuàng)辦精密鑄造廠(chǎng)，張庭良任廠(chǎng)長(zhǎng)，帶領(lǐng)全體辦廠(chǎng)教職工艱苦奮斗，克服困難，因陋就簡(jiǎn)，白手起家，使工廠(chǎng)逐步發(fā)展壯大，收入由初期的7000多元增加1978年的64000余元。
校辦農(nóng)場(chǎng)的創(chuàng)辦也經(jīng)過(guò)很多曲折。1960年在江家灣開(kāi)荒20余畝，后被生產(chǎn)隊(duì)收走。1961年在新河邊開(kāi)荒，不能保收，后亦放棄。1963年圍墾南湖，因距離遠(yuǎn)，有血吸蟲(chóng)而放棄。1965年，與黃州幾個(gè)學(xué)校聯(lián)合圍墾窩湖，建成校辦農(nóng)場(chǎng)。原來(lái)只能種一季小麥，旱澇都不能保收。1970年經(jīng)過(guò)艱苦的增修圍堤的勞動(dòng)，始種水稻。1971年總收水稻87000斤。后來(lái)經(jīng)過(guò)挑塘墊基，陸續(xù)建起410平方米住宅和教室，可容兩個(gè)班學(xué)生在農(nóng)場(chǎng)住宿，半天勞動(dòng)，半天上課。